Após um acidente mudar sua percepção da morte, Tohno Shiki volta à mansão da família. O encontro com Arcueid o envolve numa série de assassinatos e na disputa entre vampiros.

Emiya Shirou invoca Saber e entra, sem preparo, na Quinta Guerra do Santo Graal. As três rotas testam seu ideal de justiça por caminhos e revelações muito diferentes.

No fim dos anos 1980, um rapaz criado longe da cidade descobre o segredo de duas jovens ligadas à magia. Escola, trabalho e conflitos mágicos passam a disputar espaço na mesma casa.